日本列島における稲作の歴史は長きに亘って弥生時代に始まるとされてきた。しかし、近年になって縄文後期中葉に属する岡山県南溝手遺跡や同県津島岡大遺跡の土器胎土内からイネのプラント・オパールが発見されたことにより、紀元前約3500年前から陸稲（熱帯ジャポニカ）による稲作が行われていたとする学説が有力となり、また朝寝鼻貝塚の6000年前の地層からイネプラントオパールが発見されたことによって、縄文時代中期以前まで遡るとする説も出てきて、稲作が生業であったかどうかは別にしても、縄文時代後期・末期頃に栽培されていたことはほぼ確実だと推定されるようになった。
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水稲耕作が行われた弥生時代より以前の稲作は陸稲として長い間栽培されてきたことは熊本県上ノ原遺跡出土の資料からも類推されていた。そして、縄文時代の栽培穀物は、イネ、オオムギ、アズキ、アワであり、これらの栽培穀物は、後期・末期（炭素年代測定で4000〜2300年前）に属する。
日本の最古の水田址は縄文時代晩期水田址で、約2500年前である。
さらに近年の炭素14年代測定法により弥生時代の始まりが少なくとも紀元前10世紀まで遡る可能性が出てきた。弥生時代前期初頭の水田遺構は、福岡平野の板付遺跡や野多目遺跡、早良平野の橋本一丁田遺跡等で発見されている。